Schon sehr lange ist die heilende und stärkende Wirkung von Brennnesselsamen bekannt. Vor allem Frauen nutzen sie wegen der Nährwerte als Kräftigungsmittel und bei Eisenmangel. Die durchblutungsfördernde Wirkung und die darin enthaltenen Hormone wurden bei Kinderwunsch zur Steigerung des Östogenspiegels genutzt. Bei Männern sollen Brennnesselsamen die Lust steigern und wurden daher auch bei Impotenz angewendet. Brennnesselsamen steigert die Spermienqualität und auch die Potenz. Sie sind auch sehr hilfreich bei Beschwerden der Prostata. Weitere Anwendungsgebiete sind Harnwegsstörungen, da sie helfen, die Harnwege gut zu durchspülen und der Bildung von Blasen- und Nierensteinen vorzubeugen. Sie werden auch bei Gicht, Rheuma, Arthrose, Bluthochdruck und Störungen des Verdauungstraktes oder zur Besserung der Verdauung eingesetzt.

Brennnesselsamen wirken außerdem bei Müdigkeit und Leistungsschwäche.
Getrocknete Brennnesselsamen sind sehr vielseitig in der Anwendung. Sie lassen sich gut als Tee oder unter Salaten, Müsli, Saucen, Kräuterquark, Kräutersalz, als Brotaufstrich und anderen Speisen verarbeiten. Sie haben einen nussigen Geschmack. Beim vorherigen anrösten, ist er krosser in Salat oder Müsli. 
Der Verzehr von 1-2 Esslöffeln Brennnesselsamen ist als Frühjahrs- oder Herbstkur täglich zu empfehlen.